Ondřej Šindelář je pedagogem JAMU v Brně, kde od roku 2020 vyučuje kurz historického fagotu a komorní hudby. V roce 2021 byl pozván vyučovat na mezinárodních letních kurzech Crescendo v maďarské Tokaji, vyučoval na Letní fagotové a hobojové akademii v Ratajích nad Sázavou. Pravidelně také vyučuje hru na historický fagot na Letní škole barokní hudby v Holešově, nebo Mezinárodní letní škole staré hudby ve Valticích. Ondřej vystupuje sólově, v komorních ansámblech i orchestrech. Např. českých i zahraničních “historických” souborech — Collegium 1704, Czech Ensemble Baroque, Collegium Marianum, Weimar Baroque, L’Arpa Festante, La Cetra Basel, i symfonických orchestrech – Symfonickém orchestru hl. m. Prahy FOK, PKF — Prague Philharmonia, Symfonickém orchestru Českého rozhlasu, Philharmonia Orchestra v Londýně, Kremeratě Baltice v Estonsku a Litvě, Cameratě Zurich nebo Verbier Festival Orchestra ve Švýcarsku. Spolupracoval s vydavatelstvím Bärenreiter Praha na vydání koncertů pro fagot a orchestr Carla Stamitze a Jiřího Pauera. Do jeho portfolia momentálně patří soubor Opus Elocutio, se kterým se věnuje spojení smyčcových a dechových nástrojů v komorní hudbě, a dechový ansámbl Harmoniemusik Sesto.

Jakákoliv hudba pro fagot 18. a 19. století, vlastní repertoár, dále např.: A. Zimmermann – Koncert F Dur pro fagot, A. Zimmermann – Triosonáta pro hoboj fagot a b.c., G. Legrenzi – Sonáty op. 2 (Nr. 7, 8, 9)